add floyd-warshall implementation

Merge branch 'master' of git+ssh://git.cyrusharmon.org/pub/git/epigraph

remove unused deepest variable

remove sorry attempt at deprecating functions

edge-nodes -> nodes

graph-nodes -> nodes and graph-edges -> edges

removed the slow version of graph-distance-matrix

docstring formatting fixes.

factored out some code into graph-distance-hash-table and exported that.

added graph-distance and graph-distance-matrix and added *bfs-depth* special variable

whitespace fix

fix edgep and remove-edge-between-nodes to work with non-cons edges.

added find-longest-paths and find-longest-path

remove version.lisp-expr stuff.

add doc/epigraph.pdf to .gitignore

update generated documentation based on new smarkup bug fixes

nodges -> nodes typo

update copyright

added make-node-hash-table

added and exported some node and edge functions
 * node-remove
 * map-edges, map-edges->list

various edge API changes
 * edges-nodes-equal now defaults to (test 'equal)
 * exported node-find, node-remove
 * added and exported self-edge-p, node-equal

added node-position and node-find

minor edge cleanups
 * add-edge and add-edge-between-nodes now return the edge
 * export remove-edge-between-nodes
 * documentation and tests

map-nodes (and map-nodes->list) argument order change
 * now take fn as first argument rather than second
 * add NEWS to reflect this change

add other-edge-node
 * export other-edge-node and edges-nodes-equal

added edges-nodes-equal

edge/neighbor changes
 * added edge-nodes gf and method.
 * edgep now checks both "directions" of the edge. add a FIXME
   to think about whether or not this is right in the long term.
 * neighbors arg element -> node
 * added neighbors-and-edges method (FIXME: no gf yet!)
 * find-cycles now takes a pick-function that can be used to select
   which edge to break
 * export edge-nodes
 * more simple edge tests

big-graph test cleanup

add some simple find-connected-component tests

add map-nodes->list and fix remove-connected-component bug
 * r-c-c wasn't working if we passed in a graph with no edges.

export bfs-map-edges and dfs-map-edges

fix xhtml stylesheet
 * update docs a bit while we're at it

remove-node, edge mapping and connected components operations
 * added bfs-map-edges, dfs-map-edges
 * added remove-node gf and method
 * updated copy-graph docs
 * remove-connected-component and find-connected-components
   functions

add inline stylesheet

documentation, including putting the css inline.

added .gitignore

added scratch.lisp

add epigraph-doc.asd

make links prettier

update xhtml doc

more doc work

added a FIXME note and first-node gf

starting to document graph generic functions, etc...

documentation, comments and a declare ignore.

start docs about the node-agnostic philosophy of graphs

cycle fixes
 * don't return the first node of the cycle at the end of the node list
 * properly return nil from find-cycles when there are no cycles instead
   of causing an error.

simplify edges a bit
 * continuing the trend, edges no longer have an explicit graph slot
 * added copy-edge
 * added &key copy-edges to copy-graph
 * find-cycle now returns the edges of the cycle, not just the last edge
 * added a FIXME about find-cycle docs
 * export copy-edge

reorder values in find-cycle
 * add some documentation strings

export find-cycle and find-cycles
 * remove debugging print

adding cycle-finding stuff
 * remove-edge now takes an edge instead of two nodes
 * various bug fixes regarding graph-node-test
 * added find-cycle and find-cycles
 * beef test back up to 6000

fixing various graph searching routines for the new node regime
 * added forgotten utilities.lisp file
 * minor doc update
 * added node-test slot to graph class
 * reworked make-graph
 * added test args to find-edges-* etc...
 * fix bfs and dfs bugs (working with key, test, new nodes, etc...)
 * neighbors now only includes the node itself if there is a self-edge
 * start cleaning up tests

don't export removed symbols

removed node class
 * no any object can be a node. we give up the easy string -> node
   mapping, but we allow, say, strings to be nodes and some other
   class that sits on top of the graph can manage the string - object
   mapping.

remove element from neighbors
 * putting aside for the moment what happens with self-edges...

added graph-nodes and map-nodes
* exported map-nodes
* some more docs

add print-node-data and print-edge-data and have print-object methods call these
add node-count
export print-node-data and print-edge-data

gray background for :pre

added doc/index.xhtml and some class definitions to epigraph-doc.sexp

add-edge -> add-edge-between-nodes and add a new add-edge function
 * changed the test examples to match

add-edge now takes &key edge-class
 * add *default-edge-class* 'edge
 * copy-graph now makes edge objects of the same class as the edge
   being copied
 * export #:edge #:node1 #:node2 #:edge-data and #:default-edge-class

make edges edge class objects instead of conses
 * fixed a typo in node2 slot definition
 * added edge data slot
 * added print-object for edge
 * edge-list-graph -> simple-edge-list-graph
 * copy-graph now copies the graph-node-name-hash and the edges
 * add-edge, remove-edge, edgep, find-edges-from, find-edges-to work with
   the new edge class

fix find-edges-containing infinite-loop
 * we weren't specializing on node and therefore kept calling the general
   function in a loop.

added methods for add-edge, remove-edge, find-edges-* that take node-identifiers
minor doc work and scratch examples.
added NOTES

added graph-node-p

allow for multiple edges between the same nodes
 add so far unused edge class
 add graph subclasses -- might go away
 add add-node function

adding epigraph-test.asd, test/package.lisp and test/epigraph-test.lisp

add alternative approach to bfs and dfs using a general-search algorithm.
not sure if I'll swap this in for the other or not.

remove bfs2 as bfs works just as well now.

use a hash-table instead of a list for the visited nodes. big win
on graphs with lots of edges.
remove unused bfs-node-data.

depend on alexandria for copy-hash
add make-instance
remove nodes slot from graph
add *default-graph-class* and use this as the default value for
 &key graph-class for the new make-graph function
add bfs-node-data class and bfs2 for posterity, even though I'll
 probably remove them shortly.
egde-list-graph now stores is its nodes in a hash-table instead
 of a list. edges are still stored in a list, however.
added add-node, get-node, find-node and with-graph-iterator
added add-edge
exported make-node, make-graph, *default-graph-class*, add-node
 get-node and first-node

begin documentation effort
add and export find-node function

export copy-graph and neighbors

added copy-graph and neighbors generic functions
use neighbors in search functions
added neighbors methods for graph
added copy-graph method for edge-list-graphs

add &key key test to bfs, bfs-map, dfs, and dfs-map.

fix typo

fist version