fix typo

add missing mat-add of a matrix and a number

restore doc buildability and removal of dependency on ch-util and ch-asdf (now depends on asdf-objects, however)

Merge branch 'master' of git+ssh://git.cyrusharmon.org/pub/git/clem

add log.lisp

fix typos: specialzied -> specialized and add finalize-inheritance call for lispworks

remove version.lisp-expr

continue to remove ch-util references

0.4.7: add utilities.lisp and remove version.lisp-expr reference from clem-test.asd

remove dependency on ch-util and reading of version.lisp-expr from the .asd file

 skip function declamations in ECL.
 * not sure if this is an ECL bug or bogus declamations, but this allows
   clem to run under ECL.

reinitialize-instance and initialize-instance for standard-matrix-class weren't returning the class instance.
 * fixed.
 * thanks to Juanjo Garcia-Ripoli for the fix.
 * now (along with the next commit anyway) clem works on ECL.

remove duplicate sum machinery

clisp fixes
 * eval-when around delistify and epsilon declarations
 * remove fixnum method-specializers from print-range,
   sum-square-range and sum-range
 * reformat some long lines

moved the rest of the *.cl files to *.lisp

bump version to 0.4.5

Merge branch 'master' of git+ssh://git.cyrusharmon.org/pub/git/clem

don't try to dispatch on, say, double-float, to keep clisp happy.

don't try to dispatch on, day, double-float, to keep clisp happy.

use :clos for #+ecl as well.

more test cleanups
 * mat-scale! ... -> mat-scale ... :in-place t
 * lots of style cleanups

add ub8 ub8 -> ub32 discrete convolve

defmatrixtype -> defmatrixclass in exports

clean up the asd file
 * remove clem-system package

clean up tests
 * .cl -> .lisp
 * a few other cleanups

first round of changes to support clisp
 * thanks to Daniel Herring for the patch!
 * remove fixnum as method argument specializer, replace wtih
   declare type fixnum in some cases
 * add :use #:clos for #+clisp
 * format some args
 * defgeneric/defmethod -> defgeneric (:method
 * fix some ignore warnings
 * zero-row-vector and zero-col-vector are now just functions instead
   of gfs/methods

beginning to get things building for clozure cl again

clem 0.4.4
 * bogus changes for git testing

testing...

clem 0.4.3
 * fixing clem doc issues
 * fixing clem-performance #p -> :p

CLEM 0.4.2
 * minor documentation cleanup

clem 0.4.1
 * fix matrix-argument-error error reporting to use format-control and
   format arguments
 * update matrix-argument-error raising in arithmetic.lisp
 * fix a bug where were checking the size of an input matrix
   twice instead of checking the input and destination
   matrices. Thanks to Max-Gerd Retzlaff for finding this.

clem 0.4
 * bump version number

clem 0.3.14
 * cleaing up ASDF files
 * removing some matrix-scale cruft
 * update ChangeLog and .cvsignore file

clem 0.3.14
 * cleaing up ASDF files
 * removing some matrix-scale cruft
 * update ChangeLog and .cvsignore file

clem 0.3.13
 * splitting benchmarks up into multiple files and adding more
   benchmarks

clem 0.3.12
 * moved benchmarks stuff into its own package/directory/asdf
 * moved scale stuff from defmatrix-scale.lisp to scale.lisp and
   reworked to simplify. added mat-scale-2 that takes both input and
   destination matrices. reworked mat-scale to take :in-place and to
   figure out types and call mat-scale-2 appropriately.
 * fixed a type bug in mat-mult and added more matrix mult types

clem 0.3.11
 * added more benchmarking stuff (beginning of a new approach)

clem 0.3.10
 * fixing more array declarations

clem 0.3.9
 * in laplacian-2, scale the result of discrete-convolve in-place
 * make some array declarations be * instead of (* *)
 * whitespace in move.lisp
 * change semantics of matrix-move-range-2d to be more lispy (that is (0 5)
   includes 0, but not 5
 * change matrix-move to match
 * indentation

clem 0.3.8
 * fix bug in matrix-move
 * add some in-place tests

clem 0.3.7
 * fix an error message in mat-add-range
 * add subtr.lisp

clem 0.3.6
 * removed some oudated exported symbols
 * reworked mat-subtr
 * fixed gradmag and graddir
 * fixed affine-transformation to work with n-d matrices
 * fixed mat-subtr of affine-transformations

clem 0.3.5
 * continuing the reorganization
 * minor documentation update
 * fixing add.lisp
 * reorganized with-typed-matrix-vals and friends
 * min and max now work with n-d matrices
 * added license to logical-operations.lisp
 * clean up logical-operations.lisp
 * add (:allow-in-place t) keyword arg to def-binary-op
 * clen up mref
 * remove moved files
 * add some tests

clem 0.3.4
 * continuing the reorganization
 * added license information to some files
 * working on making functions work with n-dimensional matrices

clem 0.3.3
 * continuing the reorganization
 * rewrite with-typed-mref to work properly

clem 0.3.2
 * deleted with-typed mref and commented out mref methods
 * spacing changes
 * add mref, row-major-mref, matrix-total-size, matrix-dimensions and
   with-typed-mref macros
 * matrix-move-range -> matrix-move-range-2d
 * reworked dim, cols and rows to work n-d matrices
 * removed mat-add-inline and mat-add!-inline
 * added fallback untyped matrix-move for matrix and integer-matrix
 * fixed some test stuff

clem 0.3.1
 * adding :dimensions arg
 * making rows and columns reader functions work

clem 0.3.0
 * getting ready for the big switch to n-dimensional matrices

clem 0.2.11
 * second stage of the big file rename/consolidation
   this time for the typed-ops
   + .cl -> .lisp files
   + just use standard :cl-source-file asdf type

clem 0.2.10
 * first stage of the big file rename/consolidation
   + .cl -> .lisp files
   + just use standard :cl-source-file asdf type
   + consolidate vector stuff in one file
 * remove cruft

clem 0.2.9
 * add print file, start to simplify asdf dependencies
 * fix matrix-argument-error so that it now works with a :cause initarg
 * break out generics into a protocol section at the beginning of
   matrix.cl
 * add some documentation to the protocol defgenerics
 * remove list-if
 * remove dim-1
 * rework m* logic so that it works more as one would expect, and
   documented that behavior!

clem 0.2.8
 * made real-matrix and complex-matrix be subtypes of number-matrix instead of t-matrix

clem 0.2.7
 * forgot to update ChangeLog

clem 0.2.6
 * spacing fixes
 * fix maxvalue in defmatrix.cl
 * add clem-user package
 * types for affine-transformation-7-parameters need to be unquoted

clem 0.2.5
 * added some comments about boxed and unboxed representation of lisp
   data objects
 * Added a question about extensible arrays
 * set-val - set-val-fit in dilate (or was it erode?)
 * added mbitnor
 * added some more type inference in defmatrix-scale

clem 0.2.4
  * added with-typed-map-range macro
  * added matrix->list
  * added destination optional argument for matrix-l2-distance
   (performance optimization)
 * trying to make matrix-move and mat-square faster

clem 0.2.3
* add defmatrix-equal file with mat-equal operation
* matrix-medians takes a list of matrices, not &rest matrices
* added matrix-l2-distance
* added docstring about interpolation types

clem 0.2.2
  * use asdf-package:package-system instead of ch-util:make-dist in make-dist.sh
  * fix references
  * add and export matrix-means and matrix-medians
  * add enable-bracket-reader-macro to scratch file

clem 0.1.10.7-20060729
  * added finalize-inheritance call in initialize-instance
    and reinitialize-instance methods for standard-matrix-class
    instances.

clem 0.1.10.6-20060729
  * added standard-deviation and matrix-means

clem 0.1.10.5-20060716
  * added an add function for ub32 and ub8

lowercase tags

clem 0.1.10.4-20060705
  * added mat-scalar-op methods that take numbers
  * added mat-subtr ops where one arg is a number, so m- works with
    numbers now

CLEM 0.1.10.3-20060629
   * added affine-transformation-7-parameters and associated functions

* smarkup changes
* normalize now takes a copy parameter
* added graddir for computing the gradient direction
* added laplacian-2 with a different matrix
* removed the 7-parameter :initargs from affine-transformation
* stopped trying to keep a 7-parameter representation in six with the matrix
  representation of an affine transformation
* affine transforamtion scaling is no longer exponential
* added mat-mult/scale/add/subtr/hprod methods for affine-transfromations
  (but perhaps these can go away now?)
* added mat-scale-fit and friends
* added some more types for defmatrix-subtr
* comment indentation
* benchmarks

* gigamonkeys markup -> smarkup

* Added ChangeLog to the asdf

* update NEWS

* update ChangeLog

* now works with smarkup instead of gigamonkeys markup

* comment out dilate-orig and erode-orig
* added defgenerics for threshold binary-threshold and
  complement-matrix

* update TODO items
* replace clem.gmarkup with clem.sexp
* increase tinaa::*short-documentation-length*
* add initial performance documentation
* add css file
* aad some more exported symbols
* add docstring to random-matrix

* throw an error on attempt to multiply incongruent matrices

* Throw an error on attempt to multiply incongruent matrices

* moved some early matrix class definition stuff into early-matrix.
* moved the rest of the matrix class definitions into matrix-classes.
* removed the eval-when stuff from defmatrix-types.
* exported some more symbols (mref, copy-to-ub16-matrx,
  copy-to-ub32-matrix, sb8-scalar, ub8-scalar, mlogior, mlogand,
  mlogxor.
* added dim1 to get the size of one array dimension.
* scale x and y derivative matrices.
* added laplacian, binary-threshold and complement-matrix functions.
* added updated-affine-transformation-slots and
  set-affine-transformation-matrix, to allow for updating to of the
  matrix parameters directly, adjusting the slots accordingly.
* removed mref2
* added some more benchmarks and tests

* added some fixnum declarations in convolve and mult that muffle some
  warnings
* getting ready to replace the arefs with mref sbcl compiler hackery

checking in my hinky sbcl deftransform stuff before i go and mess it up

* added mloop file for mloop macro for looping over matrices
* fixed some depends
* removed map-matrix
* removed some spurious clem: package designators
* added new copy-to-{ub16,ub32,sb8,sb16,sb32}-matrix
  methods
* use mloop in defmatrix-add to simplify the logic a bit
* added bit-matrix bit-matrix add
* add a small epsilon before calling floor in %transform-matrix

* added generics file with generic funciton definitions
* mat-add!-range -> mat-add-range!
* added some fixnum declarations in discrete convolution and
  affine transformation routines
* added some defgenerics to quiet warnings

* add scalar-types.cl
* added some typed scalar-matrix add functions. this is a hack and
  should be cleaned up soon.
* added more typed mlogior/mlogxor/mlogand methods

 * tinaa docs
 * version.lisp-expr stuff

added lisp files for loading to make tinaa docs

cleaning up tinaa doc stuff

tinaa stuff

Added defmatrix-unary-op

   * left a debugging print in. remove it.

* Reworked matrix printing logic
    * Added make-load-form
    * Added defmatrix-binary-op with mlogand, mlogior, mlogxor and
      destructive and range variants
    * Better type inference for destination matrix for mat-subtr
    * New TODO:  min-val and max-val -> mmin, mmax

* Bump version number
    * Update ChangeLog

minor matrix printing change.

commit ChangeLog changes

fix bib ref

add more benchmarks

add some SBCL specific matrix multiplication hacks

add mat-hprod
remove dups

add doc asdf file

checking in outline.

* matrix-move-range and matrix-move-range-constrain now take range
  arguments in both the source and destination matrix so that one can
  move part of the src matrix to a different part of the dest matrix.
* Added generics for matrix-move-range and matrix-move-range-constrain.

* mat-copy-proto-dim now takes an initial element
* transform-matrix truncates rows and cols to get matrix with
    integral # of rows and cols

fixing MOP stuff for CMUCL