update to work with new smarkup

resurrect the ability to build the documentation

alignment improvements -- special variables for gap costs, etc...
 * initial-gap and terminal-gap default to 0 now

only loop (lenth residues) times when setf'ing residues-string

add alexandria dependency

pessimize code, removing speed/safety/inline declarations

fix typo and remove bio-io prefix

remove the bio-io package. just put everything in bio now.

remove bogus file reference

remove some debugging declamations

fix ASDF dependencies

removed unused res loop variable in (setf residues-string)

udpate taxonomy download instructions and path.

Added gene-summary and entrez-gene parsing of gene-summary.

bump version to 0.2.7. remove bogus asdf-related package.

really add the NCBI_Variation DTD

update scratch entrez examples

added variation DTD

udpate DTDs and fix DTD entity resolving for the case where we don't find the DTD in the local list.

use &rest and fix whitespace typo

more version.lisp-expr removal

various code cleanup items

* replace ch-asdf:asdf-lookup-path calls with reduce
  #'asdf:find-component and the like

* remove #. reading of version.lisp-expr

* clean up depends lists

use &rest for bio:fetch (object entrez-dictionary)

add copyright and add some date-parsing stuff

check for empty node and empty node-set

add comment about origin of the article and article-set classes

remove bogus dependencies (ch-asdf, alexandria).
remove version.lisp-expr and just put that in the asdf file.

add string-if and number-value-if

get-search-result-ids now takes :id-class arg

add some pubmed examples

fore-name -> forenames cleanup and deal with some nil/empty values better

remove some debug declarations

split :cache into :use-cache-for-lookup and :cache-results

add ncbi-pmid identifier

export some new symbols
 * article-forenames
 * article-short-journal
 * article-doi
 * article-affiliation
 * remove article-fore-name

fore-name -> forenames
added :initform NIL to forenames and initials

add pubmed and article lisp files

add string-value-if

entrez pubmed parsing improvements

article improvements:
 * add short-journal, doi and affiliation.
 * date is now a list instead of a string.

use :supersede instead of :overwrite for existing files and fix :copy-to-file such that it only executes the http request once.

fix NCBI DTD's that got hosed due to using :overwrite instead of :supersede

forgot to add article.lisp to last commit

first pass at Pubmed stuff

add new NCBI DTDs

add some new NCBI DTDs and support multiple public-id's per DTD

update generated documentation

Merge branch 'master' of git+ssh://cyrusharmon.org/pub/git/cl-bio

formatting

formatting

print-alignment -> alignment-results
added more gs for affine gap alignment functions
exported some symbols from the alignment package
update examples

added a find-matches example

newline at end of file

performance improvements and gf's

various example cleanups

added aa and rna alignment examples

Merge branch 'master' of git+ssh://cyrusharmon.org/pub/git/cl-bio

autogen'ed doc changes

version 0.2.6

* use bio: prefixes
* split-string-into-lines-string -> split-string-into-lines

split-string-into-lines-string -> split-string-into-lines

* read-fasta-file arg file -> filespec
* added write-fasta-file

* use change-class for adjustable-seqeunces
* formatting
* various scratch changes

don't explicity check for mRNA type

minor doc updates

minor documentation updates

* export write-fasta-file
* split-string-into-lines-string -> split-string-into-lines

* annotated-sequence no longer explicitly declares described-object
  as a superclass
* initialize-instance -> shared-initialize
* added update-instance-for-different-class so #'change-class from
  simple-sequence to flexichain-sequence works

add stp-document->list and stp->node-list. use in scratch.

robustify asdf-loading of cl-bio and cl-bio-rucksack from cl-bio-taxonomy.

Revert "retrieve this for the moment, at least..."

This reverts commit 0a5186160aa87299faccd23fd8bf37cb05b09e5f.

retrieve this for the moment, at least...
Revert "remove entrez/xml.lisp"

This reverts commit 05ac87972a44400cd5781e4f1931e3450c09d226.

princ-to-string the object name in entrez-dictionary bio:fetch

make *tax-nodes-file* and *tax-names-file* be symbol-macros, at least for the moment.

add cl-bio-taxonomy and cl-bio-entrez to the :depends list of cl-bio-doc.
start adding taxonomy and entrez documentation.

make the ncbi-gi id be an integer if possible.

export some taxonomy symbols and clean up the scratch examples a bit.

start adding dictionary documentation.
work on external module documentation.

export bio-rucksack::*bio-rucksack* and use bio-rucksack in bio-taxonomy.
now we can use *bio-rucksack* unqualified in the taxonomy code.

dictionary gf docstrings

adding .gitignore

starting to add documentation about modules

note that the cl-bio-entrez-doc has gone away, but don't delete, at least not for the moment.

add entrez:: around some temporary entrez debugging functions.

remove optimize debug 3

remove xmls parsing stuff.

remove xml.lisp symbols and add generif symbols.
change package name from entrez to bio-entrez with an entrez as a nickname.

remove entrez/xml.lisp

cleaning up taxonomy and rucksack moves.

moving align into its own package and fix cl-bio.asd to deal with the fact
that align, rucksack and taxonomy are now in their own packages.

moving rucksack and taxonomy stuff into their own modules.

cl-bio 0.2.5

use (dirname "$0") so that running make-dist.sh from another directory works

make write-pdb-header a function instead of a generic function
(for the moment at least)

Revert "Use bio: prefix in doc fasta examples"

This reverts commit f30ef7e24f418ab321c00fca944e670018c00bf1.

use bio: prefix in doc examples

Use bio: prefix in doc fasta examples

Adding cl-bio-entrez module

* add asdf:load-op line at the top
* remove outdated example

* export dna->rna, 3-letter-residues-string, 3-letter-residues-list